1997 und 2000 nahm die Johannesgemeinde an "ProChrist" teil, einer per Satellit vernetzten Veranstaltung, die Christen verschiedener Kirchen und Gemeinschaften in vielen hundert Orten in Deutschland und Europa verband mit dem Ziel, gemeinsam für den Glauben an Jesus Christus zu werben.
1999 wurde der Gemeindeverein Johanneskirche e. V. zur Förderung der Jugendarbeit gegründet.
2002 beschloß der Kirchenvorstand die Beschaffung einer neuen Orgel mit 18 Registern und Schwellwerk. Den Auftrag im Wert von 278.600 € erhielt die renommierte Orgel-Manufaktur Mühleisen aus Straßburg.
Am 1. Advent 2004 wurde zum 40-jährigen Kirchenjubiläum die neue Orgel eingeweiht.
2006 wurde Pfarrer Hermann Lutschewitz in den Ruhestand verabschiedet. Ein Jahr später wurde Pfarrer und Organist Christoph Reinhold Morath in der Amt eingeführt.
Im Jahr 2008 wurde Pfarrerin Kerstin Baderschneider in die Gemeinde nach Hagenbüchach verabschiedet. Pfarrer Johannes Eunicke wurde 2009 in der Johannesgemeinde als zweiter Pfarrer begrüßt und in sein Amt eingeführt.
Im Oktober 2010 wurde wieder eine Pfadfindergruppe in Alterlangen aufgebaut - die Meute nennt sich die Ameisen.
Als Pfarrer im Ehrenamt kam Pfarrer Cyriakus Alpermann im Januar 2011 aus Dechsendorf in die Johannesgemeinde. Alle drei Pfarrer bereichen die Gemeinde auch durch ihre verschiedenen, musikalischen Fähigkeiten - die Johannesgemeinde hat die drei musizierenden Pfarrer, die immer wieder den Gottesdienst anreichern.
Pfarrer Eunicke hat 2011 den Lobpreisgottesdienst "Soul meets God" eingeführt, ein Gottesdienst mit vielen modernen Liedern und einer Band, die den Gottesdienst begleitet.
Im April 2011 wurde zum ersten Mal das Abendmahl auch mit Teilnahme von Kindern in der Verantwortung ihrer Eltern gefeiert.
Der Gemeindebrief KONTAKT wird seit 1996, also 15 Jahre, auf eigenem Druckwerkzeug gedruckt. Es werden 10 Ausgaben pro Jahr in einem Team der Johannesgemeinde erstellt. Taize-Gebete wurden als regelmäßiges Angebot einmal im Monat eingeführt, ein Gottesdienst mit viel Ruhe und Stille und Taize-Gesängen.
Seit 2011 gibt es auch wieder eine Blechbläsergruppe, die seitdem den Gottesdienst immer wieder bereichert. Ebenfalls im Jahr 2011 im Dezember wurde das Projekt ProJohannes ins Leben gerufen, um ein Viertel der zweiten Pfarrstelle für die nächsten 5 Jahre zu finanzieren, um so diese Stelle für die Johannesgemeinde zu erhalten.